15年前，北大西洋·海上。
货轮·第一八代丸，遭遇巨大的冰山而沉没。
船长和一名水手牺牲。
时间流逝到当今，西多摩市。
大财阀·八代小组，八代造船的设计人，
在驾驶汽车的时候突发心脏病，事故死亡。
半月后…
行驶在太平洋上的豪华油轮阿芙罗狄蒂号。
受到小兰的好友·园子的邀请，柯南、小兰、小五郎等一行一起参加该船的首航。参与此次首航的大多都是政治、金融界、社交界的首脑。此船以美神阿芙罗狄蒂的名字命名，航行在太平洋上。
但是船上却有可疑人物在暗中活动，连园子也被袭击后监禁了起来。依靠柯南德推理找到了园子，索性平安无事。杀人事件也终于开始上演。受害者是八代客船社长八代贵江。同时也是在半月前因失误死亡八代英人的妻子。接着八代集团的社长，贵江的父亲八代延太郎从船上消失踪影。
目暮警部紧急登上了这艘豪华游轮。随即展开了搜查工作。另一方面，西多摩市的事故也再次展开事故调查工作。在海上与陆地的大搜查网展开的时候。柯南的推理也在进行。而小五郎开始了与柯南和警察不同的方向的独立调查。又是胡乱的推理一通，还是侦探的直觉觉醒！？
刚看完这部剧场版,剧中多次出现小兰看着柯南想起新一小时候的时候,甚至在最后柯南在最后找出小兰捉迷藏的地点与当年新一小时候的推理一样,可能是小兰故意藏身于此的。在此剧中，小五郎异常的活跃，甚至推理超过了柯南，仅仅说错了一个他不知道的事情，在此时柯南通过括音器道出了小五郎说错的手法，于之前不同的是此时的小五郎不但没在睡觉，而且异常的清醒，虽然一时很惊奇，但之后竟然还能很冷静的推理下去，难道之前他都是装傻不知道背后有人在帮他？？？？？在剧中中后期柯南利用博士做的一番推理，躲在博士身后用变身器说的，竟然在场的600人没一个人看到，博士当时的位置可是处于正中间啊
更让人奇怪的是，竟然最后救了柯南的是侦探团送给小兰的金牌，那根绳子竟然能支撑柯南的重量而不断
不过的总的来说，此剧还是不错的，让人对小五郎的印象有了改观
